Читал ответ священника на аналогичный вопрос - можно. Потому что свято Слово Божие, а не сама книга. И тем, что вы подчеркиваете в ней важные для вас отрывки - в этом нет ничего плохого.
Вот, нашел этот ответ:
Относительно подчеркивания в Библии нужно помнить, что святым является текст Священного Писания, его содержание, а не сама книга. Поэтому подчеркивание не будет унижением или оскорблением Бога, когда мы делаем это для того, чтобы лучше запомнить и понять написанное. Безусловно, делать это можно только в своей личной книге.
Люби - и делай что хочешь!
